Slovenská poľnohospodárska univerzita v Nitre

Podujatie bolo súčasťou aktivít projektu COST CA22158 MiCropBiomes, ktorý je zameraný na prepojenie výskumníkov skúmajúcich mikrobiálne spoločenstvá rastlín a pôdy v kontexte udržateľného poľnohospodárstva a potravinovej bezpečnosti. Organizátorom bol doktor Juraj Medo z Ústavu biotechnológie FBP.

Tréningová škola bola v poradí druhým odborným podujatím, organizovaných v rámci projektu. Prvým podujatím bolo trojtýždňové online školenie v máji a júni, na ktorom sa zúčastnilo vyše 150 účastníkov z 31 krajín. „Online formát sa sústredil na tradičné i najmodernejšie prístupy, využívané pri metóde metabarkódingu, ktorá je dnes jednou z najvýznamnejších a najpoužívanejších techník pri výskume mikrobiálnych spoločenstiev. Školenie bolo koncipované tak, aby pokrylo celý výskumný proces od plánovania experimentu, cez výber a princíp metód, až po spracovanie a zdieľanie dát, a účastníkom poskytlo najmä teoretické vedomosti,“ informoval J. Medo.

Z tohto dôvodu nasledovala v júli praktická „hands-on“ tréningová škola, ktorá účastníkom umožnila priamu experimentálnu prácu. Do výberového konania na účasť na tréningovej škole sa zapojilo 54 uchádzačov, najmä mladých vedeckých pracovníkov a študentov doktorandského stupňa štúdia, z nich bolo vybraných 13 účastníkov z 12 krajín. „Počas piatich dní intenzívnej práce si vyskúšali kompletný výskumný workflow – od odberu vzoriek z poľa až po získanie a základné spracovanie sekvenčných dát DNA. Výskumnou otázkou bolo, ako sa zmení mikrobióm na koreňoch rastlín po aplikácii kompostu v porovnaní s minerálnym hnojením,“ uviedol J. Medo. Dodal, že v rámci programu sa pracovalo s modernými metódami, od extrakcie DNA z rizosféry, cez PCR amplifikáciu 16S a ITS markerov, až po prípravu knižníc a sekvenovanie na zariadeniach Oxford Nanopore MinION. Súčasne sa použili aj kultivačné prístupy, inokulácia vzoriek a izolácia bakteriálnych kolónií s ich následnou identifikáciou pomocou MALDI-TOF hmotnostnej spektrometrie. Na záver boli predstavené základné bioinformatické postupy spracovanie dát. Komplexné bioinformatické hodnotenie bude témou posledného zo série odborných podujatí, organizovaných v rámci projektu.

Školenie prebiehalo v priestoroch Výskumného centra AgroBioTech (VC ABT) a v laboratóriách FBP SPU v Nitre. Finančne bolo zabezpečené z prostriedkov Európskej únie v rámci projektu MiCropBiomes. Na výučbe sa okrem doktora J. Meda podieľali aj odborníci z viacerých pracovísk SPU, medzi nimi profesorka Miroslava Kačániová z Ústavu záhradníctva FZKI, doktor Michal Gábor z Ústavu výživy a genomiky FAPZ, doktorka Lucia Urbanová z VC ABT. Medzinárodnú dimenziu podujatia posilnili aj pozvaní školitelia – doktor Ting He z Univerzity v Groningene (Holandsko) a doktor Joël Pothier z Univerzity aplikovaných vied v Zurichu (Švajčiarsko).

Účastníci vyjadrili vysokú mieru spokojnosti s priebehom tréningovej školy, praktickou orientáciou programu, ako aj možnosťou pracovať v medzinárodnom tíme. Ocenili aj kvalitnú výskumnú infraštruktúru SPU v Nitre. Metódy, ktoré si mohli vyskúšať, pritom predstavujú špičku súčasného výskumu v oblasti analýzy rastlinných mikrobiómov. SPU v Nitre týmto podujatím opäť potvrdila svoje miesto medzi aktívnymi európskymi centrami výskumu a vzdelávania v oblasti agromikrobiológie a biotechnológií, skonštatoval J. Medo.